|
|
Contributions to the taxonomy, biogeography, ecology and pathogens of parasites (Diptera, Acari) of Old World bats
Ševčík, Martin ; Benda, Petr (vedoucí práce) ; Stanko, Michal (oponent) ; Bartonička, Tomáš (oponent)
Disertační práce předkládá soubor příspevků řešících některé faunistické, biogeografické, taxonomické a fylogenetické problémy vybraných skupin parasitů netopýrů společně s průzkumem potenciálních pathogenů u některých zástupců těchto parasitů vázaných na netopýry Starého světa. V první části práce je zpracovaná taxonomie prostigmátních roztočů - sametek (Trombiculidae) - z nálezů z Eurasie a Afriky. Výsledkem detailního morfologického a morfometrického studia je popis pěti nových taxonů, patřících ke čtyřem rodům: Chiroptella, Grandjeana, Rudnicula a Trombicula. Výsledky zároveň revidují diferenciaci ve skupině Trombicula sensu stricto, sumarizují nálezy druhů jednotlivých rodů a korigují zařazení původně popsaných druhů v rámci jednotlivých rodů, s finálním výstupem vytvoření klíčů uvedených rodů. K této části je přiložený první náčrt výsledků studia vztahů sametek a netopýrů, představující popis specifických vazeb jednotlivých taxonů obou skupin. Doplňkově jsou zařazeny studie představující nové nálezy a morfometrické vyšetření larev sametek z netopýrů Indonesie a rovněž morfometrické údaje a morfologické porovnání mesostigmátních roztočů (Spinturnicidae) s popisem nymfálních stadií skupiny Spinturnix myoti z východní a jihovýchodní Evropy. Druhá část práce koriguje starší publikované údaje a...
|
|
| |
|
|
Analýza inverzních repetic v genomu lidských patogenů
Hanzlíková, Anna ; Nováčková, Ivana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Patogeny jsou organismy, které jsou příčinou různých onemocnění hostitele. Patří zde: priony, viry, bakterie, houby, prvoci a živočichové. Tato bakalářská práce je zaměřená konkrétně na viry, způsobující lidská onemocnění jako jsou závažné respirační syndromy, onemocnění jater či rakovina děložního čípku. Cílem této bakalářské práce bylo pomocí webové aplikace Palindrome analyser charakterizovat přítomnost a umístění inverzních repetic v genomech organismů, které jsou patogenní pro lidský organismus. Byly vybrány 4 viry, z nichž dva jsou ze skupiny DNA virů a dva ze skupiny RNA virů. S ohledem na propuknutí pandemie na začátku roku 2020, kterou způsobil virus SARS-CoV-2, je v této bakalářské práci zařazen. Z RNA virů byly tedy vybrány: SARS-CoV a SARS-CoV-2. Z DNA virů byly vybrány: virus Hepatitis B a lidský papilomavirus. Sekvence virových genomů byly získány z databáze NCBI (National Center for Biotechnology). Poté byly pomocí programu Palindrome analyser, který je dostupný online, analyzovány všechny čtyři viry na přítomnost inverzních repetic, jejich polohu a velikost. Největším genomem byl SARS-CoV-2 s velikostí 29 903 bp, který měl zároveň nejvíce inverzních repetic.
|
|
|
Bioinformatické analýzy lokálních struktur DNA u vybraných patogenů
Dobrovolná, Michaela ; Kouřilová, Xenie (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Onemocnění způsobená parazitickými červy jsou velmi rozšířená u lidí v rozvojových zemích. Podle WHO jsou parazity celosvětově infikovány přibližně 2 miliardy lidí. Etiologickými činiteli parazitických infekcí jsou zejména parazité kmene Nematoda (hlístice) a Platyhelminthes (ploštěnci) vyvolávající reakce imunitního systému, způsobující podvýživu a chudokrevnost, které jsou primární příčinou úmrtí. Vzrůstající rezistence parazitů na lidská anthelmintika je urychlována jejich nadužíváním, špatnou prevencí a kontrolou infekce. Terapeutický potenciál malých molekulových G4 ligandů byl demonstrován například při stabilizaci struktur G-kvadruplexů, anebo eliminaci patogenů rezistentních na léky. G-kvadruplexy jsou typem sekundární struktury nukleových kyselin tvořené v oblastech bohatých na guanin se schopností regulovat proces genové exprese, opravy poškozené DNA nebo transkripce a translace v onkogenech. K identifikaci a porovnání sekvencí potenciálně tvořících G-kvadruplex (PQS) v jaderných a mitochondriálních genomech šesti zástupců kmene Platyhelminthes a čtyř zástupců kmene Nematoda (které by mohly ukázat vhodná cílová místa pro navázání G4 ligandů sloužící k predikci nových míst účinků léčiv a pomoci při vývoji efektivnějších léčiv) byl požit webový nástroj G4Hunter. Byla potvrzena nenáhodná distribuce PQS v genomu a mtDNA analyzovaných organismů. Nejvíce G-kvadruplexů bylo lokalizováno v těsné blízkosti genů, což naznačuje jejich roli v genové regulaci. Zajímavé je, že v méně infekčních zástupcích kmene Platyhelminthes bylo nalezeno více PQS v porovnání s více infekčními zástupci téhož kmene. Naproti tomu byla u organismu Ascaris lumbricoides spadajícího do kmene Nematoda dokázána přítomnost vysoce stabilních PQS. Tento vysoce patogenní druh je schopen tolerovat velmi stabilní G4, které nejsou u srovnávacího organismu Caenorhabditis elegans téměř vůbec přítomny.
|
|
|
Sledování výskytu patogenních mikroorganismů v potravinovém odpadu po přídavku různých aditiv
Tomková, Lenka
Plýtvání potravinami a nakládání s potravinovým odpadem je celosvětový problém. Je nutné plýtvání omezit a v případě vzniku potravinových odpadů volit ekologické řešení jejich odstranění jako je kompostování. Proces kompostování je přirozený rozkladný proces, jehož finálním produktem je cenný kompost použitelný jako hnojivo. V této práci je zkoumán vliv aditivních látek na potlačení patogenních mikroorganismů potenciálně přítomných v potravinovém odpadu, aby potraviny vstupující do procesu kompostování byly zdravotně nezávadné. Pro mikrobiologické analýzy byly použity klasické kultivační metody (selektivní média pro bakteriální kmeny Salmonella spp., Escherichia coli, Helicobacter pylori a enterokoky) a pro přesnou identifikaci narostlých kolonií byla provedena MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie a Sangerovo sekvenování. Z výsledků vyplývá, že odpad bez přídavku aditiva obsahoval více patogenních mikroorganismů než odpad s přídavkem aditiva. Nejčastěji se jedná o Serratia spp. a rod Pseudomonas. Jako nejlepší aditivum se jeví Tea tree olej, který efektivně potlačoval zápach a také se v odpadu s jeho přídavkem nevyskytovaly významné patogeny jako např. Pseudomonas fluorescens oproti kontrolnímu vzorku bez jeho přídavku.
|
|
|
Genetické možnosti šlechtění včely medonosné
Orlova, Sofiia
Počátek 21. století zaznamenal výrazný pokles včel po celém světě. Bakalářská práce je zaměřena na studium genetických faktorů ovlivňujících biodiverzitu populace A. mellifera. Mnoho genetických markerů spojených s klíčovými znaky včel, jako je hygienické chování a odolnost vůči nemocem, lze využít k selekci nových linií s lepšími vlastnostmi a potenciálem k udržení a zdokonalení včelí populace. Využití molekulárně genetických metod, jako detekce SNP, pomohlo identifikovat genetické varianty v jedincích a sledovat jejich šíření. V kombinaci s tradičními metodami výběru, jako je výběr na základě výkonu a analýzy fenotypu, molekulární metody umožňují výběr jedinců s nejlepšími genetickými vlastnostmi a zlepšení celkové genetické kvality populace včel. Genetická diverzita je klíčovým faktorem pro zdraví a přežití včelích kolonií, a proto je důležité, aby včelaři využívali moderních molekulárně genetických technik k zachování nejlepších včelích vlastností.
|
|
|
Interakce herbivorů a patogenů na rostlině
Nerandžičová, Denisa ; Koubek, Tomáš (vedoucí práce) ; Weiser, Martin (oponent)
Herbivoři a patogeny se na rostlině běžně vyskytují společně a jejich interakce zásadně ovlivňují nejen fitness samotných antagonistů, ale i obrannou reakci rostliny. Fytopatogeny modifikují biochemické procesy rostliny, což je jeden z důležitých faktorů, které rozhodují o výběru hostitelské rostliny herbivorem. Modifikace rostliny často vede i k obohacení, nebo naopak limitaci dostupných zdrojů pro herbivory a ke změnám v obranné reakci rostliny. Herbivoři zase usnadňují vnikání fytopatogenů do těla rostlin a také zprostředkovávají jejich přenos mezi rostlinami. Mnoho autorů předpokládá, že vliv interakcí na fitness antagonistů je podmíněn především vzájemným antagonismem mezi rostlinnými signalizačními dráhami řízenými kyselinou jasmonovou a kyselinou salicylovou. Inkonzistentní výsledky studií ovšem poukazují na to, že teorie je nejspíše značně zjednodušena, a proto není obecně aplikovatelná. Výsledné efekty interakcí zřejmě závisí na více faktorech, ze kterých bude mít velice významnou roli například druhová specificita. Je nicméně pravděpodobné, že interakce mezi antagonisty nenavyšují na rostlině škody způsobené dvojitým útokem. Ty jsou obvykle vyšší v rámci individuálních orgánů, ale rostlina je patrně dokáže efektivně kompenzovat a snižovat tím celkové negativní dopady na fitness.
|
|
|
Vliv sucha na interakce rostlin a půdy
Secká, Gabriela ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Florianová, Anna (oponent)
Mezi rostlinami a půdou dochází ke zpětným vazbám neboli plant-soil feedback (PSF), přičemž rostliny ovlivňují fyzikální, chemické a biologické vlastnosti půdy a tato půda následně ovlivňuje nejen a fitness rostlin stejného druhu ale i rostlinné mezidruhové interakce. Vliv PSF se může projevit okamžitě anebo opožděně a je ovlivňován mnoha vnějšími vlivy. Cílem mé práce byla literární rešerše, která se zabývá vlivem sucha na zpětnovazebné interakce mezi rostlinou a půdou. Častá a opakující se sucha, které jsou jedním z projevů klimatických změn, ovlivňují nejen děje odehrávající se v ekosystémech, ale i samotné organismy, které se v nich vyskytují včetně mikroorganismů žijících v půdě. Intenzivní sucha způsobují především navýšení teplot, snížení vlhkosti v půdním prostředí a degradace půd. Působením sucha klesá primární produktivita vegetace a dochází ke změnám ve složení půdních i rostlinných společenstev. Tyto změny zasahují do zpětnovazebných interakcí, což se projevuje pozitivní či negativní zpětnou vazbou.
|
|
|
Behavioralní imunitní systém u člověka: percepční a afektivní složka
Slavíčková, Kateřina ; Schwambergová, Dagmar (vedoucí práce) ; Dlouhá, Daniela (oponent)
Bakalářská práce si klade za cíl shrnutí dostupné literatury zabývající se zejména percepční a afektivní složkou behaviorálního imunitního systémem u člověka. Behaviorální imunitní systém představuje vedle tělesného imunitního systému další obranný nástroj organismu proti patogenům. Sestává z celé řady psychologických mechanismů, které v důsledku umožňují včasnou vyhýbavou reakci před potenciálně rizikovým podnětem a tím snižují energetické náklady, jež by jinak byly využity při metabolicky náročné odpovědi tělesného imunitního systému. V práci je představeno fungování behaviorálního imunitního systému, počínaje detekcí rizikových podnětů a následně emocionální odezvou - znechucením, které je považováno za klíčový mechanismus vedoucí k vyhýbavé reakci. Dále je v práci popsán vývoj pocitu znechucení. Součástí práce bude nástin interindividuálních rozdílů ve znechucení.
|
|
| |
host ::
RSS.